La storia vera e propria di Budapest inizia nel 1873, quando la zona collinare residenziale di Buda e la zona storica di Óbuda sulla riva occidentale del Danubio si unirono alla piatta e industriale Pest sulla riva orientale a formare quella che all'inizio venne chiamata Pest-Buda. Ma la storia di Budapest è in realtà molto più complicata.
Il Bacino dei Carpazi, nel quale si trova l'Ungheria, è stato abitato alternativamente da popolazioni diverse per migliaia di anni. Recenti scavi archeologici, per esempio, hanno portato alla luce un preistorico antenato dell'uomo che visse qui circa 10 milioni di anni fa. Ciò suggerisce che i primi uomini furono attirati in questa zona dalle sorgenti di acqua calda e dall'abbondanza di orsi e mammut. Nel corso dei secoli questo cuore fertile dell'Europa è stato assalito, saccheggiato e raso al suolo da ogni sorta di scellerato mascalzone, impero o gruppo etnico o religioso. Dai celti ai romani, agli unni, ai mongoli, ai turchi, agli slovacchi, agli austriaci, ai tedeschi e ai russi, l'identità dell'Ungheria è stata distrutta e ricreata più volte.
I magiari, come gli ungheresi si definiscono, facevano parte del gruppo di popolazioni ugro-finniche originarie della Siberia occidentale. A un certo punto della loro migrazione iniziarono a chiamarsi magiari (dai termini ugro-finnici mon, 'parlare' e er, 'uomo'). Dopo molti secoli il gruppo si divise in diverse tribù legate da un'alleanza chiamata onogur (o 'dieci popoli'), da cui deriva il nome 'Ungheria'. Probabilmente alcuni gruppi nomadi di magiari raggiunsero il Bacino dei Carpazi già a metà dell'VIII secolo.
Si pensa che uno di questi gruppi in fuga si stabilì sull'Isola di Csepel e su Óbuda quando Buda e Pest non erano altro che due piccoli villaggi. Conosciuti per la loro abilità equestre, i magiari fecero razzia un po' ovunque, fino a quando, nel 955, non furono fermati da alcune popolazioni germaniche. La sconfitta li gettò nello scompiglio e, più tardi, li costrinse ad allearsi con il Sacro Romano Impero. Nell'anno 1000 il principe magiaro Stefano venne incoronato 're cristiano' con il nome di Stefano I (più tardi fu canonizzato e diventò santo Stefano) con una corona inviata dal Papa di Roma: l'Ungheria, regno e nazione, era ufficialmente nata. Al momento della morte del re, avvenuta nel 1038, essa era la culla di una nascente cultura cristiana, sempre più rivolta a occidente e multietnica.
I due secoli e mezzo successivi, durante il regno del casato degli Árpád, misero a dura prova il nuovo regno. Questo periodo fu caratterizzato da lotte continue tra i diversi contendenti al trono e da conquiste di territorio da parte delle potenze vicine.
A seguito del lungo periodo di debolezza della corona, durante il quale i mongoli invasero Pest e la rasero al suolo, il regno si trovò ad affrontare un periodo di inarrestabile declino. A Buda venne costruito un castello per rallentare la caduta e Pest fu dichiarata comune reale. La regione riuscì a resistere come 'centro' dell'Ungheria, ma il declino verso l'anarchia continuò fino alla morte di Andrea III, l'ultimo esponente della dinastia degli Árpád, nel 1301. Negli anni successivi il paese rifiorì grazie a una serie di abili governanti, a cominciare da Carlo Roberto e da suo figlio Luigi il Grande, per arrivare a Sigismondo di Lussemburgo (che ampliò il Palazzo Reale, fondò un'università a Óbuda e fece costruire il primo ponte galleggiante sul Danubio). Questo periodo raggiunse il suo massimo splendore con il brillante regno di Mattia Corvinus ('Il Corvo') che trasformò il paese in una delle principali potenze europee e portò per la prima volta Buda al centro della nazione. Il successore di Mattia non fu in grado di mantenere l'autorità reale e nel 1526 l'eterogeneo esercito ungherese fu sconfitto in sole due ore dai turchi ottomani guidati da Solimano il Magnifico nella battaglia di Mohács. Buda venne saccheggiata e incendiata prima del ritorno dei turchi e della loro conquista definitiva, avvenuta nel 1541. Questa sconfitta costituì una sorta di spartiacque nella storia ungherese: segnò, infatti, la fine di un'epoca relativamente prospera e indipendente e gettò la nazione in un periodo di divisione, dominazione straniera e disperazione, i cui risultati sono tuttora evidenti nel miscuglio etnico che la caratterizza. L'occupazione turca fece ben poco per far progredire la nazione e la resistenza interna costrinse i turchi ad abbandonare definitivamente il paese nel 1699.
L'espulsione dei turchi non coincise tuttavia con la creazione di un'Ungheria libera e indipendente. Il paese divenne invece una provincia dell'impero austriaco degli Asburgo ed ebbe così inizio un periodo di assolutismo illuminato. Sotto gli Asburgo l'Ungheria prosperò economicamente e culturalmente e piano piano cominciò a diffondersi anche l'idea di nazionalismo. Buda si trasformò nella città di Ofen, di lingua tedesca, e nel 1783 divenne il centro amministrativo del paese, mentre Pest cominciò a espandersi al di fuori delle sue mura cittadine. Pest divenne più tardi il centro commerciale più importante della nazione, mentre Buda rimase una città di presidio reale e si sviluppò sotto l'occhio vigile del sovrano. A Pest, intanto, si stavano diffondendo sempre più le idee di liberalismo e riformismo sociale e, nel 1849, sotto la guida del ribelle Lajos Kossuth, l'Ungheria dichiarò l'indipendenza e la caduta della dinastia degli Asburgo. Gli Asburgo, però, furono in grado di fermare la rivolta e diedero il via a una serie di brutali rappresaglie. L'Ungheria tornò a far parte dell'impero come provincia conquistata.
Tuttavia, la resistenza passiva da parte degli ungheresi e un paio di clamorose sconfitte militari degli Asburgo portarono al Compromesso del 1867 che creò la Monarchia Bicipite, con l'Austria come impero e l'Ungheria come regno. Risultato di questo compromesso (che prevedeva due parlamenti e due capitali) fu l'unione di Buda, Óbuda e Pest a formare Budapest nel 1873. Questo periodo di dualismo portò a una fioritura economica, culturale e intellettuale mai vista prima; molte delle cose che vedete a Budapest oggi risalgono a quel periodo, dai grandi viali ai condomini in stile eclettico, al Parlamento e alla Chiesa di Mattia nel Distretto del Castello. L'apice di questa belle époque fu una esposizione della durata di sei mesi che si svolse nel 1896 presso il Parco Cittadino per celebrare i mille anni dalla conquista magiara del Bacino dei Carpazi. La mostra ospitò circa quattro milioni di visitatori e presentò la prima ferrovia sotterranea dell'Europa continentale. Prima dell'inizio del XX secolo Budapest poteva a ragione essere annoverata tra le principali città europee.
La Monarchia Bicipite partecipò alla prima guerra mondiale alleandosi con la Germania (i risultati furono disastrosi) e fu sostituita da una repubblica subito dopo la guerra. I comunisti ungheresi presero il potere, ma furono sconfitti cinque mesi più tardi dall'esercito rumeno. Nel 1920 gli Alleati, con il Trattato di Trianon, stabilirono una ripartizione postbellica dei territori che riduceva drasticamente i confini d'Ungheria. Il paese chiese aiuto ai governi fascisti di Germania e Italia per recuperare i suoi territori, ma si ritrovò di nuovo dalla parte dei perdenti durante la seconda guerra mondiale. Budapest fu la città ungherese che subì più perdite:
i tedeschi in fuga rasero al suolo il Castello di Buda e tutti i ponti sul Danubio.
Nel 1947, con brogli elettorali, salirono al potere i comunisti. All'interno del partito il clima era di forte ostilità, tanto che le epurazioni e i processi ingiusti in stile stalinista erano all'ordine del giorno. In seguito la nazione fu scossa in maniera inesorabile dall'insurrezione del 1956, una vera e propria rivoluzione antisovietica che ebbe luogo a Budapest e che provocò migliaia di morti per la brutale rappresaglia da parte dell'esercito sovietico. Molti degli edifici di Pest portano ancora le cicatrici causate dalla furia sanguinosa. Tutto ciò fu seguito dai peggiori atti di ritorsione mai visti nel paese e dal consolidamento del regime di János Kádár, che riuscì a trasformarsi da traditore e uomo più odiato del paese in rispettabile riformatore. Egli iniziò un programma di comunismo 'goulash' (orientato al consumatore) e a metà degli anni '70 le sue riforme erano riuscite a trasformare l'Ungheria nella nazione più liberale, più sviluppata e più ricca della regione. Tuttavia la costante disoccupazione, il tasso di inflazione e il debito pubblico sempre più alti provocarono la sconfitta di Kádár nel 1988. In seguito alla caduta del Comunismo la nazione prese il nome di Repubblica d'Ungheria nel 1989. Il ritiro delle truppe sovietiche, avvenuto nel giugno del 1991 (e tuttora festeggiato ogni anno), vide ben presto le prime elezioni libere in più di quarant'anni. Da allora l'Ungheria fa parte della NATO e per il 2004 è previsto il suo ingresso nell'Unione Europea.