Il dominio bizantino e l'invasione longobarda
Dopo sessant'anni di dominio goto, l'intera Venetia fu conquistata dal generale Narsete all'Impero bizantino nel 555. Poco dopo, come racconta Paolo Diacono nella sua Historia Langobardorum, nel 568 i Longobardi guidati da Alboino, si impadronirono di Forum Iulii e delle zone interne, lasciando ai Bizantini i centri verso la costa, a cui si aggiungevano Oderzo e la via del Po (Padova, Monselice, Mantova e Cremona): l'invasione fu forse frutto di un accordo, attraverso il quale la Venetia maritima, sottoposta all'esarcato di Ravenna, veniva ormai separata dalla Venetia mediterranea nell'interno.

Una delle conseguenze della nuova invasione fu il trasferimento delle autorità civili e religiose, che furono molto probabilmente seguite da parte notevole degli abitanti, dai centri dell'interno verso la costa, dove già nel secolo precedente si erano andati rafforzando e sviluppando gli scali di Chioggia, l'antica Malamocco (distrutta per una catastrofe naturale agli inizi del XII secolo e ricostruita quindi nella sede attuale), Jesolo, Torcello e Caorle: il patriarca di Aquileia, Paolino, si trasferì a Grado, che ospitava già un castrum e due chiese. Il processo di separazione tra regioni costiere e interno fu forse accentuato da una serie di alluvioni (Paolo Diacono descrive come "diluvio" quella del 589) che mutarono l'assetto idrografico.

Nel VII secolo il dominio longobardo si espanse fino alla via Annia: nel 639 fu conquistata Oderzo (poi distrutta nel 669) e i bizantini fondarono, poco distante dalla via che fungeva da confine, un nuovo centro amministrativo, la Civitas Nova, o più tardi Civitas Heracliana o Heraclea, dal nome dell'imperatore bizantino Eraclio. La divisione tra i domini bizantini e quelli longobardi venne sancita agli inizi del secolo, anche da una nuova suddivisione ecclesiastica: il patriarca di Aquileia, ormai con sede a Grado, aveva giurisdizione sulle chiese del dominio bizantino, mentre per le chiese dei domini longobardi venne nominato un nuovo patriarca, che pose la sua sede presso Cividale (a Cormones). Nello stesso periodo vennero fondate nuove chiese basilicali, attestate dalle fonti o dai resti archeologici a Caorle, Jesolo e Torcello.

Nell'VIII secolo il re longobardo Liutprando fissava stabilmente i confini con la Terminatio Liutprandina. Nel 740 l'esarca di Ravenna, Eutichio, fu costretto dall'attacco longobardo a rifugiarsi temporaneamente nei domini bizantini della laguna veneta. Poco dopo (742-743) la sede del dux bizantino che governava la Venetia maritima fu trasferita da Civitas Nova, sulla terraferma, a Malamocco, testimoniando un sempre maggiore interesse per le attività e i commerci marittimi.

Nel 751 il re Astolfo conquistava definitivamente Ravenna, ponendo fine all'esarcato bizantino, ma ribadiva il decreto di Liutprando: la Venetia maritima pur rimanendo formalmente dipendente dall'impero bizantino(la dipendenza si protrarrà fino al IX secolo), acquistava una sempre maggiore autonomia di governo e di commercio.

La nascita della città di Venezia
Nelle isole lagunari vicino a Malamocco, il trasferimento della sede ducale dovette comportare un intensificarsi degli insediamenti. Nel 775-776 vi venne creata la sede vescovile di Olivolo. Durante il governo di Agnello Particiaco(811-827) la sede ducale venne quindi trasferita da Malamocco alla meglio difesa "Rivoalto" (l'attuale Rialto ). Furono costruiti il monastero di San Zaccaria, un primo palazzo ducale e la prima basilica di San Marco. Nell'897 il doge Pietro Particiaco]] eresse una difesa (civitatis murus) tra Olivolo e Rialto. I materiali da costruzione per queste edificazioni, secondo l'uso dell'epoca, furono tratti dalle rovine delle antiche città romane più prossime alla costa, in particolare da Altino. I primi abitanti della città di Venezia non possono essere considerati dei fuggiaschi come i loro antenati, ma avevano già sviluppato diverse attività sul mare. Molti di loro vivevano ancora della pesca e del commercio del sale, altri erano calafatari e carpentieri, ma i più facoltosi spingevano già i loro traffici al di fuori della laguna.

Nell’828 i Veneziani trasferiscono il corpo dell’Evangelista Marco nella cappella del Palazzo ducale, già sorto nell’isola di Rialto. Secondo la leggenda, due mercanti, Tribuno e Rustico, capitarono in Alessandria d’Egitto nel momento in cui il Califfo faceva saccheggiare la chiesa cristiana dove era conservato il corpo di San Marco (martirizzato nel 68). Temendo che il sacro corpo venisse profanato, i due mercanti lo trafugarono, trasportandolo sulla loro nave, in un cassone di legno ricoperto di quarti di maiale. I veneziani gli diedero poi onorata sepoltura nella prima basilica di San Marco e lo elessero loro patrono. Questo evento accrebbe il prestigio di Venezia, non solo come capitale ducale, ma come sede religiosa e comportò in seguito il trasferimento della sede patriarcale.

Lo sviluppo di Venezia
Venezia, posta alla frontiera dell'Impero Bizantino, sviluppò un forte spirito d'indipendenza che la portò ad essere la più potente tra le quattro più celebri Repubbliche marinare. Rivaleggiava con Genova e il suo predominio sull'Adriatico era tale che i veneziani lo indicavano con il nome di "Golfo di Venezia"; le repubbliche marinare di Ancona e di Ragusa (Dalmazia) solo con una stretta alleanza reciproca riuscirono a rimanere indipendenti e a continuare i loro traffici con l'Oriente, altrimenti dominio esclusivo dei navigatori veneziani. In questa chiave si deve leggere l'alleanza stretta nel 1174 da Venezia con il Sacro Romano Impero con l'intento di assediare Ancona. L’assedio di Ancona fallì militarmente ma ebbe il pregio per i Veneziani, che avevano perso recentemente l’alleanza di Bisanzio, di ingraziarsi l’imperatore Federico Barbarossa e di fargli dimenticare la precedente adesione alla lega antimperiale di Verona che nel 1164 era stata promossa dal pontefice Alessandro III.

Il capo del governo era il Doge (corrispondente al latino dux), teoricamente eletto a vita, ma in pratica, spesso costretto a rimettere il proprio mandato a seguito di risultati insoddisfacenti del proprio governo.

Nei secoli Venezia divenne la capitale della Repubblica Veneta, che fu la più lunga e duratura repubblica della storia (circa 1100 anni), fu per secoli una delle maggiori potenze europee.